De maneira geral, a biotecnologia é associada aos polêmicos transgênicos, alimentos e plantas que têm características modificadas pelo chamado melhoramento genético. A alteração artificial de características de plantas e animais pela biotecnologia aplicada, leva vantagem sobre a transferência de genes de um organismo para outro através da reprodução sexual, pois esse longo processo natural promove uma combinação aleatória e, portanto, não é preciso nem previsível, além de limitar o intercâmbio de características a indivíduos da mesma espécie.É verdade que a transferência para a indústria dos avanços da engenharia genética, na técnica que permite introduzir em outro organismo o material genético (DNA) determinante para a síntese de uma proteína de interesse, tem um pé nas necessidades do mercado. Na lista de produtos potencialmente comercializáveis figuram a insulina, hormônios de crescimento, plantas resistentes a insetos (milho, algodão, batata e soja geneticamente modificados), tolerantes a herbicidas (milho, eucalipto, soja e cana-de-açúcar), resistentes a vírus (mamão e batata), alteração da coloração, fragrância e durabilidade de flores, produção de bactérias para biodegradação de vazamentos de óleos e lixo tóxico.
Mas a biotecnologia não serve apenas para produzir transgênicos, de olho em oportunidades comerciais : ela pode ter ampla aplicação na área da saúde, com a terapia gênica, que possibilita, por meio da manipulação dos genes, corrigir doenças hereditárias. A clonagem, que obtém indivíduos geneticamente idênticos, vislumbra no futuro o fim das filas de espera por doadores a partir da produção em série de órgãos para transplante.
Para Augusto Mello Simões Barbosa, professor da pós-graduação em Ciências Genômicas e Biotecnologia da Universidade Católica de Brasília, no estudo dos parasitas humanos, "a bioinformática irá permitir o descobrimento de novos genes e a melhor compreensão de sua fisiologia, bem como a possibilidade de novos alvos para drogas e vacinas; permitirá também entender a sua evolução e sua relação filogenética com outros organismos; e ainda gerar ferramentas para detecção molecular do parasita, com aplicação em diagnóstico e epidemiologia".